Het jaar is 2053. Ruimtevaart is sindsdien geprivatiseerd, maar met toenemende verkenning komen er ook meer ongelukken. Daarom hebben de verzekeringsmaatschappijen wereldwijd de handen ineengeslagen en CR, oftewel Cosmic Rescue, opgericht. Het is de taak van CR om slachtoffers van interstellaire ongelukken te redden en de gevaarlijke rondvliegende brokstukken op te ruimen die na eerdere crashes zijn overgebleven en andere ruimtevaartuigen bedreigen. Nanjou Satoshi is kapitein van CR Shift Division 89. Samen met Eguchi Ryo, zijn trouwe monteur, en Sawada Azuma, de heethoofdige nieuweling, brengen ze hun dagen door met het nogal eenvoudige werk van het opruimen van brokstukken. Maar dan onderschept Azuma op een dag een noodsignaal van een jong meisje. De bemanning van #89 snelt ter plaatse, het schip verdwijnt van hun radar en al snel worden ze door CR losgelaten. Maar wat is er met het schip en het jonge meisje gebeurd?