Anthon is een gerenommeerd natuurkundige die onderzoek doet naar donkere materie: deeltjes waar we niets van weten, maar waar ons universum voor 95% uit bestaat. Anthons leven staat op zijn kop als zijn elfjarige zoon Thomas wordt ontvoerd door Elena, een mysterieuze vrouw. Vanaf dat moment moet Anthon niet alleen op zoek naar zijn zoon, maar ook naar zichzelf. Dark Matter is een reflectie op de duistere mysteries van ons universum en hoe we ons verhouden tot het onbekende.